И все же, несмотря на столь трагические и разрушительные события, Кутна Гора вплоть до середины XVI века оставалась местом происшествия политических событий общегосударственного значения и экономической опорой чешского королевства. Стремительный рост могущества города сопровождался возведением красивейших костелов и роскошных поместий немецкого городского патрициата.
Во время правлений Ягеллонов (1471-1526 гг.) чешская культура вырывается из изоляции, в которую попала в период гуситских волнений. В городе вырастают пышные позднеготические постройки. После длительного перерыва, вызванного гуситскими войнами, продолжается строительство собора святой Варвары.
Борьба за духовное самоуправление между Кутной Горой, представленной честолюбивыми горными предпринимателями и близлежащим седлецким монастырем, резиденцией цистерцианского ордена, продолжающаяся целые века, вылилась в сооружение престижного собора. Он был построен за кромкой городской крепостной стены, на земельном участке Пражского капитула (то есть за пределами влияния Седлецкого монастыря), и посвящен святой Варваре - покровительнице шахтеров. Собор, основанный в 1388 году, был большей частью построен под покровительством шахтеров. Строительство этого великолепного собора, который, по некоторым историческим источникам, должен был быть в два раза длиннее, чем сегодня, проходило в несколько этапов и в значительной степени зависело от прибыльности кутногорских шахт. Под воздействием различных событий работы неоднократно прерывались, так что с начала строительства до окончательного завершения в 1905 году прошло более 500 лет.